Historia Japonii obejmuje historię Wysp Japońskich i Japończyków, od czasów starożytnych do najnowszej historii Japonii jako państwa. Po ostatniej epoce lodowcowej (około 12 tys. lat p.n.e.), bogaty ekosystem archipelagu japońskiego sprzyja rozwojowi człowieka. Najwcześniejsze znane ceramiki powstały w okresie Jōmon. Pierwsza znana pisemna wzmianka o Japonii zawarta jest w chińskiej Księdze Hanów pochodzącej z I wieku naszej ery. Główne kulturowe i religijne wpływy pochodziły z kultury Chin.

Pierwsza stała stolica została założona w okresie Nara w 710 roku n.e., miasto Heijō-kyō stało się centrum sztuki, religii i kultury buddyjskiej. Obecna rodzina cesarska ma swoje początki ok. 700 roku p.n.e., jednak do 1868 roku (z kilkoma wyjątkami) miała wysoki autorytet, ale mało władzy.